私はSuicaポイントにしています。交換が始まった頃にキャンペーンをしていて,それをきっかけにしてSuicaポイントにするようにしました。等価交換ですし。JR東日本の運賃はもちろん,駅ナカやファミリーマートなどではいつもSuicaを使うので,現金に交換しているのと同じ感覚です。
以前は,現金や102@Clubにしていたのですが,現金はおっしゃるとおり損ですし,102@Clubはなくなりました...
航空マイルに交換するときは,あともう少しで特典がもらえる,という時だけに使うといいと思います(このために楽天→ANAを一度だけやりました)。
それ以外の場合は,等価交換のよく使うショッピングポイントにするといいと思います。もちろん,Yahoo!もamazonも,もちろんSuicaも(使っておられるなら)お勧めです。
あと,キャンペーンがあるときはそれを利用しましょう! 今なら,ANAに交換した人のうち1/3が50%ポイントアップのキャンペーンをやっていますね。