言葉としては「過去を清算する」というは良い意味でも使えるのだと思いますし、気持ちの整理をつけたいという感じでも使えると思います。でも、そんな場合には状況や話し方など理由付けがないといけないと思います。
「過去を清算する」の「清算したい過去」というのは、人々が使う場合は、ほとんどの場合が悪い過去だからでしょうね。そういう意味で悪い意味で使われることの方が多いのでしょう。イメージの問題だと思います。
つまり言葉通りでは「過去を清算する」は文字通りに「どんな過去であっても清算する」と使えるのだと思いますが、人にはイメージがあるので固定観念でそんな使われ方が一般的なのだと思います。
すみませんが良い表現の使い方というのは思いつきませんでした。ただ状況や話し方によって相手の受け取り方も違うと思うので同じ「過去を清算する」でも使い方によって良いイメージで捉えられることがあると思います。