例えるなら大臣は大企業の部長、知事は中企業の社長、市長は少企業の社長とも言えます。
例えば土木関係の大企業の部長が、食品関係の中企業の社長よりエライかと言うことです、無関係な会社の部長が命令したところで、従う社長はいません。
エライと言う観点を何処に置くかも多少は有りますが、大臣が知事に対し命令する権利はありません、民主主義国家で、総理大臣が知事や市長の任命権がない訳ですから、その下の大臣に命令する権限は無い筈です。ただ内閣は立法府であるから、法の執行で知事に対して命令が出来るだけです、それは主従関係とは言わないはずですから、上か下かは当てはまらないと思います。